OMuseu do Marajó nasceu de modo informal em 1972, na cidade de Santa Cruz do Arari. Em 1984, foi instalado no prédio de antiga indústria de extração de óleo vegetal em Cachoeira do Arari, onde permanece até hoje. No dia 16 de dezembro de 1981 foi fundada a Associação com o nome de O Nosso Museu de Santa Cruz do Arari.
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No dia 14 de julho de 1983, na Assembléia Geral dos sócios, foi mudada a razão social, sendo escolhida a nova denominação de O MUSEU DO MARAJÓ.
